경제성장과 더불어 축산물의 수요가 증가함에 따라 사육규모가 커지면서 사육가축의 마릿수도 증가하여 단일 축산시설에서 발생하는 분뇨의 양도 점점 늘어나고 있다. 각종 유기화합물과 질소·인산·칼륨 등의 비료성분이 많이 함유되어 있어 농작물이나 과수에 거름으로 이용되기도 하지만 양이 지나치게 많아 미처 활용되지 않고 폐기되는 비율이 높아지면서 축산환경 오염문제의 발생원이 되고 있다. 방치되어 악취를 일으키고 파리·모기 등 각종 해충들의 서식지가 되어 농촌 생활환경을 악화시키며, 빗물이나 축사를 청소한 물과 섞여 방류될 경우 축산폐수가 되기도 한다.

물과 섞여 버려지는 축산폐수로 인한 수계의 오염부하량은 낙동강수계가 17%, 금강수계가 27.7%, 영산강수계가 20%를 차지하고 있는데, 이를 줄이기 위하여 분뇨를 최대한 퇴비화, 액비화, 정화처리하고, 빗물에 의해 강으로 유입되는 것을 최소화하기 위하여 소규모 축산농가에 대해서도 분·뇨분리저장시설과 가축운동장에 비막이시설을 의무화하고 있다.