내염소성 병원생물로는 내염소성의 바이러스, 항산균으로서 특징적인 세포벽을 지니는 마이코박테리움, 아포를 형성하는 bacillus속의 탄저균, 시스트와오시스트를 형성하는 원충 등이 있다. 내염소성 병원생물을 함유한 물을 섭취하는 경우 간염, 위장염, 재향군인병 등이 발생할 수 있으며, 염소에 반응하지 않는 특징으로 인해 수처리 공정에서 응집작용과 급속여과 (rapid sand filtration) 과정을 통해 제거한다.