식품의 부패균 또는 병원균을 제거를 위한 살균제로서 사용되며 살균 소독제, 표백제, 산화제로서 사용한다. 이 물질은 분해되면서 산소를 방출한다. 물에 용해가 잘 되며, 저장 중 수용액이 분해되어 염소가스가 생기기 때문에 장기간 보관 시 살균제로서 효력이 떨어진다.

차아염소산 나트륨은 물속에서 반응에 의해 산소가 발생하고 산소를 이용하여 폐수 내에 존재하는 시안을 시안산으로 만든다. 그 후 시안산을 다시 질소와 탄산가스로 분해하여 무해화 한다. 낮은 pH를 갖을수록 살균력이 강하고, 단백질, 당분, 아미노산 등에 의해 살균력이 감소된다. 살균력은 100 ppm 농도로 희석 후 pH 8-9로 조절한 것이 가장 높다. 차아염소산 나트륨은 엷은 녹황색 또는 무색의 액체이고, 염소냄새가 난다. 수용액을 오래 저장하면 분해되어 염소가스로 변환되며, 따라서 살균제로서의 효력이 사라진다. 또한, 부식성이 강하기 때문에 금속용기와는 접하지 않도록 해야 한다.